L'enigmatico Shiryu Minamoto e i suoi seguaci hanno organizzato il misterioso torneo Reaper Game, pericoloso gioco nel quale per esserci molto più di un semplice trofeo in palio. Vari duellanti sono stati coinvolti in questo gioco a loro insaputa. Nel frattempo, la famiglia Moria, che ha già messo le mani sulle tre wicked gods cards, fa la sua mossa e assalta la Kaiba Corp, conquistandola, con lo scopo di sabotare il generatore universale custodito in cima alla torre e causare un secondo Zero Reverse. I loro piani vengono sventati in extremis da un gruppo di duellanti, tra cui, Ryan, Keido, Yachiru, Iusha, Cid, Tucqua e Yumeki. Purtroppo il generatore esplode ugualmente e solo il nobile sacrificio di Kaiba riesce a salvare la città. Nell'esplosione si perdono le tracce di Cid e dello stesso Moria. Il Reaper Game prosegue e il numero di coppie si riduce sempre più...